یکی از اصلیترین اولویتهای مهرعلی، شفافیت مالی است. برای همین، هر ساله گزارشهای مالی کامل شامل درآمدها، هزینهها، کمکهای نقدی و غیرنقدی، پروژههای انجامشده و موجودی حسابها منتشر میشود. این گزارشها بهصورت عمومی در اختیار خیرین و عموم مردم قرار میگیرد تا همگان از نحوهی هزینهکرد منابع آگاه باشند.
فرآیند حسابرسی مهرعلی توسط نهادهای مستقل انجام میشود و نتایج آن در وبسایت رسمی منتشر میگردد. این رویکرد، علاوه بر ایجاد اعتماد، مهرعلی را به یکی از شفافترین مؤسسات خیریه کشور بدل کرده است. خیرین میتوانند در هر زمان، با مراجعه به وبسایت، به جزئیات کمکهای خود و نحوهی هزینهکرد آن دسترسی پیدا کنند.