مهرعلی بر اساس یک ساختار سازمانی شفاف و منظم اداره میشود که هدف آن افزایش بهرهوری و اطمینان خاطر خیرین است. ارکان اصلی عبارتند از:
هیئت امنا: بالاترین رکن تصمیمگیری، مسئول تعیین خطمشی و تصویب سیاستهای کلان.
هیئت مدیره: مسئول اجرای مصوبات هیئت امنا و هدایت راهبردی فعالیتها.
مدیرعامل: نماینده اجرایی مؤسسه، مسئول هماهنگی واحدها و پیگیری پروژهها.
بازرسان: نهاد نظارتی که بر تمامی امور مالی و اجرایی نظارت دارد.
مدیران واحدها: مدیریت حوزههای مالی، منابع انسانی، روابط عمومی، خدمات حمایتی، و فناوری اطلاعات.
ساختار سازمانی مهرعلی به گونهای طراحی شده که پاسخگویی و شفافیت در اولویت قرار گیرد و خیرین مطمئن باشند کمکهایشان دقیقاً در مسیر تعیینشده هزینه میشود.